Nhà lãnh đạo 64 tuổi đã tới Paris để chữa bệnh và trước đó nước này từng bác bỏ tin đồn rằng ông Sanha đã từ trần do bệnh tình quá nặng.
Ông Sanha đắc cử Tổng thống Guinea Bissau vào năm 2009 sau khi người tiền nhiệm của ông bị ám sát.
Theo AFP, ông đã phải nhập viện ở nước láng giềng Senegal cách đây một tuần trước khi được chuyển tới bệnh viện Val de Grace ở Paris, nơi chăm sóc sức khỏe cho các nhà lãnh đạo thuộc khối Pháp ngữ.
Trong thời gian cầm quyền, ông Sanha cũng thường xuyên phải đối mặt với vấn đề về sức khỏe, khiến tình hình trong nước trở nên bất ổn.
Hồi tháng tám, ông cũng từng nằm viện 2 tuần tại Dakar, Senegal.
Kể từ khi giành được độc lập từ tay thực dân Bồ Đào Nha năm 1974, Guinea Bissau thường xuyên đối mặt với những cuộc thanh trừng trong giới chính trị gia, quân đội. Nước này cũng bị coi là trạm chung chuyển cocaine với số lượng lớn vào châu Âu.